Un braccio di mare di 200 metri separa Pano Koufunisi, l'unica isola abitata, da Kato Koufonisi, isolotto disabitato. Tutta la vita dell' isola si svolge a ridosso del porticciolo, affollato dalle barche dei pescatori: è infatti questa una delle poche isole greche dove questa attività rappresenta ancora la ricchezza principale dei suoi abitanti. Per le sistemazioni vi sono alcuni piccoli alberghi che dispongono di poche ma confortevoli camere, e per mangiare non mancano i ristoranti la cui specialità è ovviamente il freschissimo pesce.
Fino a pochi anni fà non era permesso sbarcare con la propria auto sull'isola e ancora oggi il mezzo più comunemente usato per girarla sono le biciclette e gli scooter. Esiste anche un bus che prevede fermate presso le spiagge più belle.
Koufonissi si raggiunge facilmente in aliscafo in circa 2 ore da Mykonos e da Santorini oppure in traghetto dal Pireo in 4 o 9 ore a seconda della compagnia che si sceglie.