Nella zona archeologica di Bagan sono presenti due principali tipi di struttura architettonica: lo stupa ('zedi' in birmano) e il pahto, o tempio.

Lo zedi è un edificio o monumento funebre contenente una reliquia (per esempio un dente o un capello del Buddha). Molti zedi furono costruiti per ricordare e onorare un notabile locale o una famiglia importante. Gli zedi di Bagan sono cupole a forma di campana, sedute su una pianta quadrata o ottagonale. Le più antiche sono a forma di bulbo, quelle più recenti sono invece alte e sottili. La reliquia è generalmente conservata in una camera sotterranea, non visitabile.

Il pahto, luogo di adorazione, ha invece la forma di un parallalepipedo cavo che contiene immagini del Buddha. I templi più antichi, di chiara influenza indiana, hanno un solo ingresso, che porta a una cappella a volta in cui è custodita un'immagine del Buddha. L'intero complesso è molto austero e spartano. Quelli più recenti si sviluppano a partire da una massiccia colonna centrale che porta un Buddha per ogni lato cardinale, diametralmente opposti a ciascuno dei quattro ingressi. Questi templi, oltre ad essere più ariosi e luminosi all'interno, sono decorati in maniera quasi barocca all'esterno con stucchi, fregi e affreschi. Tipica di Bagan è l'abitudine di decorare non le pareti, lasciate completamente nude, ma ciò che sta sopra e attorno alle pareti (archi e pilastri, per esempio). Il pahto è caratterizzato da una serie di terrazze esterne, accessibili tramite cunicoli interni o scale esterne, che simboleggiano il Monte Meru, ed è circondato da spesse mura che separano il regno sacro dal mondo esterno.

Il termine "pagoda" è invece improprio: l'equivalente birmano, paya, si riferisce in generale a un intero complesso religioso ed è talvolta usato come sinonimo di stupa.